Genetik mühendisliği vasıtasıyla, yeşil flöresan proteindeki belli amino asitleri değiştirerek proteinin flöresan özellikleri ile 'oynamak' mümkün. Flöresans, çok değişkene bağlı bir fonksiyon olduğu için, bir amino asitin değişikliği bile beklenilmez değişikliklere sebep olabilir. Genel olarak, proteinlerdeki amino asit değişiklikleri fonksiyonları açısından ortaya çıkan yeni proteinlerin bazıları tamamen farklı emisyon özelliklerine sahip oldukları için onlara yeni isim vermek daha uygun oluyor.

S65G, V68A, S72A and T203Y değişmelerini yaparak, yeşil flöresan proteinin flöresan özelliklerini bir derece değiştirerek, yeşil yerine sarı renkli bir emisyona sahip olması sağlanılmıştır (Miller et al., 1999, Biotechniques).

(Proteinlerdeki amino asit değişikliklerini kaydetmek için çok basit bir isimlendirme sistemi var. Değişen amino asitin tek-harf kodu, değişen amino asitin proteindeki sırası ve yeni amino asitin tek-harf kodu olarak yazılıyor. Mesela, S65G değişmesi, ''65. serin yerine glisin değişmiştir'' demektir.)

Yukarıdaki grafiklerde, yeşil (YFP) ve sarı flöresan proteinlerinin (SFP) uyarılma ve emisyon özellikleri gösterilmiştir. Emisyon dalgaboyu maksimumlarında çok az bir fark bile renk farkına sebep oluyor ve bu özellik değişik alanlarda kullanılabiliyor.

Aşağıdaki resimde, çekirdekte görev yapan bir protein ile yeşil flöresan proteinin füzyonu ve sitoplazmada bulunan bir protein ile sarı flöresan proteinin füzyonu sentezleyen hücreler fotoğrafı verilmiştir. Yeşil ve sarı flöresan protein arasında sadece 3 amino asit farkı olmasına rağmen, renk farkı çoktur. Değişik optik filtreler kullanılarak daha da net farkların gözlemlenmesi mümkündür.

Benzer şekilde, genetik mühendisliği vasıtasıyla, yeşil flöresan proteinin değişik versiyonları yapılmıştır ve daha yenileri yapılmaktadır. YFP ve onun 'türevlerini' kullanan çalışmalar sayısı hızla artmaktadır. Faydalı türevleri arasında, farklı renklerde emisyon yapan proteinler, pH'e farklı şekillerde duyarlı/duyarsız versiyonlar ve belli dalga boyundaki ışık ile aktif/inaktif hale getirilebilir proteinler var. YFP türevleri, değişik deneyler düzeneklerinde önemli biyokimyasal araçlar ve aletler olarak kullanılmaktadır.